Im Unterschied zum Geschäftsvermögen nichtlandwirtschaftlicher Betriebe unterliegen die geschäftlichen Kapitalgewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken nur bis zu der Höhe der Anlagekosten (ohne Abzug allfälliger Subventionen) der Besteuerung (§ 25 Abs. 4 StG und Art. 18 Abs. 4 DBG). Damit werden die wieder eingebrachten Abschreibungen, die zuvor das Einkommen verminderten, diesem wieder zugezählt und zur Besteuerung gebracht. Der Gewinn ist AHV-pflichtig.

Die Besteuerung der Differenz zwischen den Anlagekosten und dem Veräusserungspreis von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken erfolgt nach den Bestimmungen des Grundstückgewinnsteuergesetzes (§1 Abs. 2 Ziff. 1). Bei der direkten Bundessteuer ist dieser Gewinn steuerfrei.

Bei der Überführung ins Privatvermögen fällt keine Grundstückgewinnsteuer an. Bei einer späteren Veräusserung wird über die Differenz Anlagewert / Verkehrswert über die Grundstückgewinnsteuer abgerechnet. Damit gewährleistet das Steuergesetz eine lückenlose Besteuerung der Kapitalgewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken.

Bei Hofübernahme innerhalb der Familie können die bisherigen Buchwerte durch den Übernehmer bzw. die Übernehmerin weitergeführt werden. In diesem Fall werden jedoch auch die nachgeführten Abschreibungen mitübernommen.

Werden die bisherigen Buchwerte nicht übernommen, kann die Aktivierung in der Eingangsbilanz der Käuferschaft zu den Gestehungskosten erfolgen. Die Verkäuferschaft hat dann auf der Differenz zwischen dem massgeblichen Einkommenssteuerwert und den Anlagekosten (wiedereingebrachte Abschreibungen) die Einkommenssteuer zu entrichten, soweit dieser Betrag kleiner als der Verkehrswert (höchstzulässiger Preis nach Art. 66 BGBB) ist. Die Besteuerung der wiedereingebrachten Abschreibungen im vorgenannten Ausmass hat selbst dann zu erfolgen, wenn der Verkaufspreis tiefer liegt als der Buchwert, da regelmässig nicht der wirkliche Wert der Aktiven realisiert wird (vgl. Kreisschreiben der Konferenz staatlicher Steuerbeamter (neu Schweizerische Steuerkonferenz) vom 15. Juni 1995 Ziff. 6). Mit der Übergabe geht damit regelmässig eine Privatentnahme einher. Bei der Überführung ins Privatvermögen entspricht der Überführungswert dem Verkehrswert (höchstzulässiger Preis nach Art. 66 BGBB). Insoweit sind wieder eingebrachte Abschreibungen unabhängig vom vereinbarten Übernahmepreis abzurechnen. Eine Besteuerung wiedereingebrachter Abschreibungen kann vermieden werden, wenn sich die übernehmende Person mittels Revers verpflichtet, auch die bereits erfolgten Abschreibungen zu übernehmen und bei Realisation steuerlich abzurechnen.

Übersteigt der Kaufpreis bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken die Anlagekosten, unterliegt die Differenz grundsätzlich der Grundstückgewinnsteuer, sofern kein Steueraufschubsgrund (§ 4 GGStG) gegeben ist.

Beim Verkäufer bzw. der Verkäuferin wird ein Verkauf unter dem Verkehrswert als Privatentnahme betrachtet. Massgebend für die Berechnung des Liquidationsgewinns (kumulierte Abschreibungen) sind nach § 25 Abs. 4 StG die Anlagekosten (max. aber der höchstzulässige Preis nach Art. 66 BGBB) der Liegenschaft (und nicht der vereinbarte Kaufpreis).

Übersteigt der Kaufpreis die Anlagekosten, unterliegt die Differenz grundsätzlich der Grundstückgewinnsteuer, sofern kein Steueraufschubsgrund (§ 4 GGStG) gegeben ist.

Liegenschaftsgewinne von in der Landwirtschaft tätigen Personen, die ihre bisher selbst bewirtschaftete Liegenschaft oder Teile davon parzellieren (auch inkl. Erschliessung) und Baugrundstücke verkaufen, unterstehen der Grundstückgewinnsteuer (§ 1 Abs. 2 Ziff. 1 GGStG). Erstellt eine solche Person indessen selber Bauten oder beteiligt sie sich an einer Überbauung im Rahmen eines Konsortiums, sind die Liegenschaftsgewinne mit der Einkommenssteuer zu erfassen.