Bei Stillegungen wird in der Regel mit der zuständigen kantonalen Dienststelle ein Dienstbarkeitsvertrag auf beschränkte Zeit abgeschlossen. Im Dienstbarkeitsvertrag erklärt sich der Landwirt oder die Landwirtin bereit, für eine bestimmte Zeit (i.d.R. 20 Jahre) eine Anzahl Tierplätze gegen eine Entschädigung stillzulegen.

Solche Entschädigungen aus Dienstbarkeitsverträgen werden entweder mit der Grundstückgewinnsteuer oder mit der Einkommenssteuer besteuert (vgl. LU StB Weisungen StG § 28 Nr. 7).

Sofern die Entschädigung mit der Einkommenssteuer besteuert wird, gilt Folgendes: Die gänzliche oder teilweise Stilllegung eines Betriebes hat eine Wertverminderung der Gebäude und Einrichtungen zur Folge, an der sich die Höhe der Stilllegungsbeiträge bemisst. Entsprechend der Wertverminderung kann der Buchwert des betroffenen Betriebsvermögens (z.B. Schweinescheune, Stalleinrichtungen usw.) mit einer ausserordentlichen Abschreibung herabgesetzt werden. Die ausserordentliche Abschreibung darf aber höchstens bis auf den Verkehrswert des Bodens vorgenommen werden. Übersteigen die ausgerichteten Beiträge diese ausserordentliche Abschreibung, werden damit früher vorgenommene, steuerlich berücksichtigte Abschreibungen wieder eingebracht. In diesem Umfang erzielen Empfänger/innen ein steuerbares Einkommen. Eine Besteuerung nach § 59 StG (Satz für wiederkehrende Leistungen) ist deshalb nicht möglich.