Die gesetzlichen Grundlagen über die Besteuerung der Beteiligungsgesellschaften stimmen kantonal- und bundessteuerrechtlich weitgehend überein. Somit richtet sich die kantonale Veranlagungspraxis im Wesentlichen nach dem KS EStV Nr. 27 vom 17.12.2009. Die folgenden Ausführungen beschränken sich auf die kantonalrechtlichen Besonderheiten sowie auf Ergänzungen der erwähnten Kreisschreiben.

Die Aufwertung von Beteiligungen im Falle einer Sanierung nach Art. 670 OR (bis maximal zum Verkehrswert) stellt gemäss § 83 Abs. 1 und 2 StG einen privilegierten Kapitalgewinn dar. Die Differenz zwischen Gestehungskosten und neuem Buchwert wird im Zeitpunkt der Aufwertung als Beteiligungsertrag qualifiziert. Bei einer Veräusserung im Anschluss an eine Aufwertung gemäss Art. 670 OR gilt der neue, erhöhte Buchwert als Gestehungskosten (§ 83 Abs. 3, zweiter Satz StG).

Buchmässige Aufwertungen im Rahmen der wiedereingebrachten Abschreibungen, welche sich demzufolge nicht auf Art. 670 OR stützen, stellen keinen Beteiligungsertrag dar und bleiben bei der Berechnung des Beteiligungsabzugs unberücksichtigt (§ 82 Abs. 3 lit. b StG). Diese Aufwertungsgewinne werden somit vollumfänglich besteuert, erhöhen aber anderseits die Gestehungskosten der Beteiligung nicht.

Nur ausnahmsweise stellt eine wiedereingebrachte Abschreibung einen Kapitalgewinn dar, der im Rahmen des Beteiligungsabzugs freigestellt wird.

Gemäss § 82 Abs. 4 StG bewirken Abschreibungen als Folge einer Substanzdividende die Kürzung des entsprechenden Beteiligungsabzugs, indem die Abschreibungen mit der Gewinnausschüttung zu verrechnen sind. Gemäss § 83 Abs. 3 StG werden die Gestehungskosten in diesen Fällen um die vorgenommenen Abschreibungen herabgesetzt. Damit wird sichergestellt, dass die späteren wiedereingebrachten Abschreibungen folgerichtig als Beteiligungsertrag (privilegierter Wertzuwachsgewinn) behandelt werden, soweit sie eine Kürzung des Beteiligungsabzuges zur Folge hatten. Diese ausdrückliche Bestimmung fehlt im DBG, wobei diese Problematik im KS EStV Nr. 27 vom 17.12.2009 unter Ziff. 2.6.4 behandelt und ebenfalls als Reduktion der Gestehungskosten qualifiziert wird.

Grundsätzlich reduzieren andere Abschreibungen, welche nicht im Zusammenhang mit Substanzdividenden stehen und dennoch steuerlich akzeptiert werden, die Gestehungskosten der massgebenden Beteiligungen nicht. Sofern die Abschreibungen bei Veräusserung einer Beteiligung wieder eingebracht werden, qualifiziert sich also nur der entsprechend reduzierte Gewinn (Buchgewinn abzüglich wiedereingebrachte Abschreibungen) als Beteiligungsertrag.

Gemäss KS EStV Nr. 27 vom 17.12.2009 Ziff. 2.7 handelt es sich bei diesem Begriff um den steuerbaren Reingewinn. Die kantonale Veranlagungspraxis stützt sich auf den Reingewinn nach Verrechnung allfälliger Vorjahresverluste und nach Ausscheidung allfälliger ausländischer Gewinnbestandteile. (vgl. Duss/Altdorfer in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Art. 69 DBG N 12 ff.). Daraus folgt anderseits, dass aufgrund der internationalen Ausscheidungsnormen der steuerbare Reingewinn der schweizerischen Betriebsstätte eines ausländischen Unternehmens in der Regel keinen zu privilegierenden Beteiligungsertrag enthält (i.d.R. objektmässige Zuordnung der Beteiligungen und der entsprechenden Erträge an den Sitzstaat).

Im interkantonalen Verhältnis werden Beteiligungen für die Berechnung der Kapitalfaktoren grundsätzlich dem Hauptsitz zugewiesen. Demgegenüber werden die Beteiligungserträge aufgrund der interkantonal vorgesehenen quotenmässigen Ausscheidungsmethode nicht ausschliesslich dem Sitzkanton zugeordnet. Deshalb haben alle beteiligten Kantone bei der Steuerberechnung den Beteiligungsabzug anteilmässig zu gewähren (vgl. Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, § 26 N 31 d). Dieser Grundsatz wird dort durchbrochen, wo ein Teil der Gewinnfaktoren objektmässig auszuscheiden ist. Demzufolge hat ein Kanton, in welchem sich ausschliesslich Liegenschaften befinden, keinen Beteiligungsabzug zu berücksichtigen.

Das steuerbare Eigenkapital wird gemäss § 90 Abs. 2 StG um die Hälfte des Verhältnisses der qualifizierten Beteiligungen zu den gesamten Aktiven ermässigt. In der Veranlagungspraxis wird diese Ermässigung im Rahmen eines hälftigen Beteiligungsabzuges gewährt, d.h. es wird nicht das Kapital sondern die Steuer pro Einheit entsprechend reduziert (gleiches Prinzip wie beim Gewinnsteuer-Beteiligungsabzug). Für die Ermittlung des Verhältnisses sind die Buchwerte sämtlicher bilanzierter in- und ausländischer Aktiven massgebend. In die Berechnung können sämtliche Beteiligungen nach § 82 Abs. 1 StG einbezogen werden (Wert von Fr. 1 Mio. oder 10% Quote), auch wenn daraus keine Erträge resultieren. Es wird dabei eine stichtagsbezogene Betrachtungsweise angewandt. Somit hat ein Beteiligungskauf im laufenden Geschäftsjahr eine höhere Ermässigung zur Folge - eine Beteiligungsveräusserung bewirkt demgegenüber eine reduzierte Steuerermässigung.

Der Beteiligungsabzug ist mit der Steuererklärung geltend zu machen. Er wird nicht von Amtes wegen gewährt.

Der Nachweis der Gestehungskosten bei Veräusserung obliegt nach den allgemeinen Regeln der Beweislastverteilung der steuerpflichtigen Gesellschaft.