Die Nachsteuer stellt eine Revision zuungunsten der steuerpflichtigen Person dar. Das ordentliche Veranlagungsverfahren wird wieder aufgenommen. Die Verfahrensvorschriften aus der ordentlichen Veranlagung gelangen auch im Nachsteuerverfahren zur Anwendung. So sind insbesondere die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze (§§ 132 - 143 StG), das Veranlagungs- und Einspracheverfahren (§§ 144 - 162 StG) und das Beschwerdeverfahren (§§ 164 - 167 StG) sinngemäss anwendbar, dies immer mit dem Vorbehalt, dass die Bestimmungen über die Nachsteuern keine speziellen Regelungen enthalten (so z.B. für die Verwirkung nach § 177 StG, s. dort).

Dies bedeutet insbesondere, dass die steuerpflichtige Person wiederum alle Mitwirkungspflichten aus dem ordentlichen Veranlagungsverfahren treffen. Daraus folgt, dass die steuerpflichtige Person bei Verletzung dieser Mitwirkungspflichten im Nachsteuerverfahren nach § 208 StG mit einer Ordnungsbusse belegt werden kann. Macht sie im Nachsteuerverfahren keine oder falsche Angaben, kann sie im Hinblick auf die Steuerverkürzung im Nachsteuerverfahren sogar wegen versuchter oder vollendeter Steuerhinterziehung (§§ 211 und 212 StG) gebüsst werden (Agner/Jung/Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, S. 441 f.). Bei Verwendung falscher Urkunden ist zudem der Tatbestand des Steuerbetrugs erfüllt.

Es kann auch im Nachsteuerverfahren eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen nach § 152 Abs. 2 StG vorgenommen werden.

Auch was die Verfahrensrechte der von einem Nachsteuerverfahren betroffenen steuerpflichtigen Person betrifft, kann auf die Bestimmungen über das ordentliche Verfahren verwiesen werden.

Das Nachsteuerverfahren und das Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung stellen zwei eigenständige Verfahren dar. Aus verfahrensökonomischen Gründen liegt es oft nahe, die beiden Verfahren zusammen durchzuführen. Sie können aber jederzeit voneinander getrennt und unabhängig geführt werden. Verweigert eine steuerpflichtige Person die Mitwirkung unter Berufung auf ihr Recht zu schweigen (vgl. LU StB Weisungen StG § 220 Nr. 1 Ziff. 1), sind die beiden Verfahren formell zu trennen. Das Strafsteuerverfahren bleibt in der Regel sistiert, bis das Nachsteuerverfahren abgeschlossen ist. Die steuerpflichtige Person kann im Nachsteuerverfahren verlangen, dass die im Hinblick auf die Mitwirkungspflicht im Nachsteuerverfahren eingereichten Beweismittel für das Strafsteuerverfahren nicht verwertet werden dürfen. Die steuerpflichtige Person ist darauf hinzuweisen.

Nach der Untersuchung wird der steuerpflichtigen Person in der Regel ein Erledigungsvorschlag zur Unterzeichnung zugestellt. Die meisten Nachsteuerverfahren können auf diese Weise durch eine Zustimmungserklärung der Betroffenen erledigt werden, welche formell einem Entscheid im Sinn von § 178 Abs. 2 StG gleichkommt. Dieses Vorgehen dient der Vereinfachung und Beschleunigung der Nachsteuerverfahren.

Die Untersuchung wird durch einen Entscheid abgeschlossen, der eine Nachsteuer veranlagt oder aber das Nachsteuerverfahren einstellt. Wird ausschliesslich ein Nachsteuerverfahren (ohne Steuerstrafverfahren) durchgeführt, sind grundsätzlich keine Kosten zu erheben (§ 178 Abs. 1 StG; für die Kostenverlegung im Einspracheverfahren vgl. § 157 Abs. 3 StG; für die Kosten im Steuerstrafverfahren vgl. § 211 Abs. 2 StG). Der Nachsteuer-Entscheid kann durch die ordentlichen Rechtsmittel angefochten werden (s. oben).